Architektonisch durchlaufen die Besucher im sanierten Museum einen Geschichtsparcours chronologisch in der richtigen Reihenfolge: angefangen bei den Ägyptern und vorderasiatischen Kulturen, der Prozessionsstraße von Babylon, dem Markttor von Milet und am Pergamonaltar vorbei mehrerer Epochen der Geschichte.